Während die Bewohner Zions den Abwehrkampf gegen die Roboterinvasion vorbereiten, liegt der Auserwählte Neo (Keanu Reeves) im Koma, geistig irgendwo zwischen Menschen- und Maschinenwelt gefangen. Nachdem er sich befreien konnte, macht er sich zusammen mit Trinity (Carrie-Anne Moss) auf, über die Ruinen der Erdoberfläche das Herz der Maschinenstadt zu erreichen. Sie wollen nicht nur die Menschheit retten, sondern auch Agent Smith (Hugo Weaving) besiegen - der mittlerweile so mächtig geworden ist, dass er neben Zion auch das Maschinenimperium zu vernichten droht. Ein letztes Mal hat das Orakel (Mary Alice) Neo Ratschläge mit auf den Weg gegeben. Er akzeptiert sie in dem Wissen, dass sie ebenfalls einem Programm entstammen und damit ebenso Täuschung sein können wie alles andere im gewaltigen Konzept der Matrix...
