Mutant Logan (Hugh Jackman), auch bekannt als Wolverine, wird unter zwielichtigen Umständen nach Japan gelockt, das er seit dem Zweiten Weltkrieg nicht mehr betreten hat. In einer Welt der Samurai und Yakuza findet er sich unerwartet auf der Flucht mit einer ebenso schönen wie mysteriösen Erbin wieder. Zum ersten Mal wird er mit der Aussicht auf Sterblichkeit konfrontiert, in einer Zeit, in der er an seine emotionalen und physischen Grenzen gelangt. Er ist nicht nur gezwungen, gegen seinen größten Erzfeind Silver Samurai (Will Yun Lee) anzutreten, sondern auch gegen die Schatten seiner eigenen Vergangenheit. Während er versucht, seinen Gegner trotz dessen tödlichen Samurai-Stahls zu besiegen, muss er gleichzeitig einen eigenen inneren Kampf gegen seine Existenz als Mutant ausfechten. Doch an jedem aussichtslos erscheinenden Problem wächst Wolverine und wird dadurch letztendlich stärker als jemals zuvor.
