Die Waise Sheeta ist die Hüterin eines uralten Geheimnisses: Ein Anhänger aus einem blauen Kristall, der den Weg zur schwebenden Stadt Laputa weisen soll. Wer Laputa findet, könnte mit seinen Waffen die Welt beherrschen. Eines Tages gelingt es dem machtbesessenen Geheimagenten Colonel Muska, Sheeta aufzuspüren und gefangen zu nehmen. Ihr gelingt die Flucht, und gemeinsam mit dem jungen Pazu macht sie sich auf, um selbst nach Laputa zu suchen. Die beiden müssen Muskas Truppen und einer Piratenbande trotzen, bis sie endlich ihr Ziel erreichen - doch in den Ruinen der schwebenden Festung werden sie vor eine schwierige Entscheidung gestellt.
Die Piraten und der Regierungsagent verfolgen beide dasselbe Ziel: Sie wollen das Geheimnis des Kristalls ergründen, den Sheeta an einer Kette um den Hals trägt. Der Kristall ist der Schlüssel zum Geheimnis der verborgenen Stadt Laputa, einer Insel, die im Himmel schwebt, erbaut von einem sagenumwobenen Volk, das schon lange von dem Planeten verschwunden ist. Birgt Laputa tatsächlich Schätze und Reichtümer jenseits aller Vorstellungskraft oder befindet sich dort eine geheimnisvolle Technologie,die so fortschrittlich ist, dass wer auch immer sie beherrscht auch die Welt beherrschen könnte?Sheeta findet in dem jungen Pazu einen Freund, der ihr hilft, ihren Verfolgern zu entkommen und der sie auf ihrer Suche nach der Lösung des Rätsels des schwebenden Schlosses begleitet. Gemeinsam fliehen Sheeta und Pazu vor den Piraten und reisennach Laputa. Was sie an diesem seltsamen und geheimnisvollen Ort finden ist ein Schatz, wertvoller als die Macht, die Welt zu beherrschen.
